1、自助建站做出来的网站缺乏个性而且网站功能比较简单
大多数自助建站工具将建站的快慢作为衡量标准，提出了"一分钟建站"的口号。一分钟建好一个网站，在技术上并不困难，但用户不禁会问：一分钟建好的网站好看吗？风格有个性吗？网站好用吗？功能强大吗？自助建站大多数都是系统自带的模版，虽然部分自助建站系统可以后台更换模版图片，但是很难符合用户的审美观！突出不了企业形象！
2、自助建站做出来的网站用户不能自由地移植网站
由于建站、管理和维护工作必须在服务商的网站上完成，因此用户的网站也被捆绑在该公司的服务器上，用户网站不能自由地移植，限制了用户自由选择的权利
3、自助建站不能灵活地扩展网站功能
自助建站工具的功能模块是固定不变的，用户不能对其进行剪裁、或设置、或组合，更谈不上对其进行二次开发，或自由地导入自己开发的网站功能模块。
4、很多自助建站不能随意地编辑网页模板
对于选用的网站模板，用户无法对其进行独立、随意地编辑，更不能导入自定义的模板，利用这样的技术制作网站，往往是一个呆板而雷同的网站，难以让人接受。
5、自助建站做出来的网站很多对搜索引擎不友好，不容易甚至不能被收录
这也是做网站最关键的，这些固定的模版被使用N次，不被百度识别，很难被搜索引擎收录。对网站优化比较困难！
6、自助建站系统一旦出现问题，用户做出来的网站将随时失效
部分B2B公司自助建站系统出问题时，所有的自助网站都不能访问。不稳定性和不安全性比较难把握！
7、自助建站访问速度慢
部分B2B公司自助建站系统的网站打开的速度太慢，因为它不是独立的空间。很多自助建站公司,用的是公用空间.不利于网站排名.自助建站每年续费一般都是和新购买价格差不多，综合多年来说这个费用比自己一次性建站成本高。另外自主建站灵活度远远不及自己建站的灵活度高。只适合初级企业客户。一般自助建站的源码是没有的，只能在他们自助建站系统上搭建使用，但是空间却很慢，想换空间比较难。
